阿瓦提县位于塔里木盆地北沿，天山南麓，阿克苏河、喀什噶尔河、叶尔羌河、和田河下游冲积平原上。地处北纬39°31′～40°50′，东经79°45′～81°05′之间。东、北与阿克苏市相连，西与柯坪县为邻，西南与巴楚县交界，南部伸入塔克拉玛干大沙漠腹地，与洛浦、墨玉两县接壤。东西最宽100千米，南北长150千米，全县总面积13258.8平方千米。其中绿洲面积1892平方千米，占总面积的14.26%；荒漠、半荒漠和森林、草原面积2780.27平方千米，占总面积的20.99%；沙漠8586.53千米，占总面积的64.75%。海拔1020～1064米。地势平坦，由西北向东南倾斜。北部为绿洲平原，南部为大沙漠，南北两部交汇于叶尔羌河河床，是县境内最低地带。绿洲与沙漠之间是原始胡杨林、灌丛、野草荒地。县城在绿洲北部中心处，距行署驻地阿克苏市公路里程67千米，距自治区首府乌鲁木齐市公路里程1064千米。
　　秦汉时期，县境北部绿洲是西域姑墨、温宿两国边沿地带。汉宣帝神爵二年（公元前60年），在西域设西域都护府，县境为其属地。唐朝时属安西都护府，南宋时属西辽，元代是别失八里的西部。明朝正德九年（1514年），赛德汗建立地方政权叶尔羌汗国（首府设于今莎车），县境属其辖地。县境内是长期人烟稀少的胡杨林、荒漠、河沼，故权属不甚明显。
　　清康熙十七年（1678年），准噶尔部吞并南疆，县境北部绿洲为准噶尔部属地。乾隆年间开始由周边各地移民至境内北部垦荒，人口渐增，方设治吏民。乾隆二十三年（1758年），阿克苏地方头领向清军呈表归服后，县境受清政府任命的阿克苏办事侍郎、驻阿克苏城尚书管辖。乾隆四十七年（1782年），清廷又改派办事大臣治理阿克苏，县境为其属地。同治六年（1867年）四月，浩罕（今乌兹别克共和国境内）军官阿古柏带领侵略军占领阿克苏，成立“哲德沙尔”（意为七城国）反动殖民统治政权，县境为其役属。光绪三年（1877年），清政府平定阿古柏侵略军和白彦虎叛军后，至光绪九年（1883年），县境为温宿直隶州一部分，为阿克苏道所辖。光绪二十八年（1902年），县境北部绿洲有人烟地方为温宿府属阿瓦提庄、拜什艾日克庄、依麻木帕夏庄、玉吉买庄和英艾日克庄。
　　民国2年（1913年）4月，温宿本府（含今阿克苏市、阿瓦提县）改为阿克苏县，阿瓦提为阿克苏县所辖第三、四、五区大部地区。民国11年（1922年）6月，设阿克苏县属阿瓦提分县，县佐治理3个区。民国19年（1930年）10月27日，阿瓦提分县改为县，厘定为三等县，受阿克苏区行政公署领辖。民国33年（1944年）厘定为二等县，至1949年9月新疆和平解放。
　　中华人民共和国成立后，阿瓦提县隶属阿克苏专区专员公署管辖。1971年专区专员公署更名地区行政公署，阿瓦提县隶属其管辖。
　　2005年，全县辖5乡3镇3个农业企业2个农牧场7个城镇社区，即阿依巴格乡、塔木托格拉克乡、英艾日克乡、多浪乡、巴格托格拉克乡、阿瓦提镇、拜什艾日克镇、乌鲁却勒镇、恒丰农业公司、天丰种业公司、鲁丰农业公司、博斯坦牧场、胡杨林场、胜利社区、文明社区、沙依巴格社区、博斯坦社区、库木巴格社区、努尔巴格社区、友好社区。乡镇下辖118个村民委员会，477个村民小组（连）。县境内还有农一师三团场、塔里木灌区水管处部分单位、农一师十六团场一营、农一师第二工程团部分单位、自治区司法厅阔如勒墩劳改农场。